فصل 1: آموزش پژوهش
8 هفتۀ ماه مهر و آبان بخش‌هایی از جزوۀ «آموزش مقدمات و مراحل پژوهش» تدریس می‌شود. این بخش‌ها عبارتند از:
1: روش مطالعه (1 جلسه)؛ 2: روش موضوع‌یابی (1 جلسه)؛ 3: روش تلخیص متن (1 جلسه)؛ 4: ویرایش اجمالی (3 جلسه)؛ 5: تفکر انتقادی (2 جلسه)
فصل 2: انتخاب موضوع و نگارش مقالۀ کوتاه و طرح تفصیلی
هفتۀ اول آذر به انتخاب موضوع برای همه اختصاص دارد (1 جلسه).
4 هفتۀ دوم آذر تا آخر آذر به نگارش مقالۀ کوتاه در پایۀ 1 و 2 و طرح تفصیلی در پایۀ 3 تا 6 اختصاص خواهد داشت.
طلاب پایۀ 3 تا 6 باید در این زمان حداقل 10 ساعت برای نوشتن طرح مطالعه کنند. در این فصل «مراحل پژوهش» ارائه می‌شود (5 هفته)
فصل3: هفتۀ پژوهش
2 هفتۀ نیمۀ دوم ماه آذر برای برگزاری هفتۀ پژوهش و خود هفتۀ پژوهش دو هفته در نظر گرفته شده است. در این هفته برنامه‌های از قبیل نشست، دیدار، نمایشگاه و... خواهیم داشت.
فصل 4: تصحیح مقاله‌ها و طرح‌ها
5 هفته از ابتدای دی تا هفتۀ اول بهمن امتحان ترم اول برگزار می‌شود و فعالیت پژوهشی تعطیل خواهد بود. اما این زمانِ دو هفته‌ای فرصت خوبی برای تصحیح مقاله‌ای کوتاه و طرح‌های تفصیلی است.
فصل 5: انتخاب موضوع مقالۀ کوتاه دوم و منبع‌یابی برای مقالۀ متوسط و بلند
2 هفته یعنی هفتۀ دوم بهمن تا هفتۀ سوم بهمن طلاب پایۀ 1 و 2 موضوع مقالۀ دوم خود را انتخاب می‌کنند و طلاب پایۀ 3 تا 6 به منبع‌یابی می‌پردازند. در این فصل نیز این بحث‌های نظری مطرح می‌شود: 1: منبع‌یابی (1 جلسه)؛ 2: مستندسازی و توضیح (1 جلسه).
فصل 6: نگارش مقالۀ کوتاه و جمع‌آور ی، تنظیم ریزموضوعات و فیش‌نویسی
در شش هفتۀ نیمۀ دوم بهمن تا آخر اسفند طلاب پایۀ 1 و 2 به نگارش مقالۀ کوتاه می‌پردازند و طلاب پایۀ 3 تا 6 به جمع‌آوری ریزموضوع‌های مناسب با موضوع خود از منابع می‌پردازند و سپس ریزموضوعات را تنظیم و اقدام به فیش نیسی می‌کنند. در این فصل نیز این بحث‌های کاربردی مطرح می‌شود: 1: آموزش ورد (3جلسه)؛ 2: آموزش استفاده از نرم‌افزارهای اسلامی (1 جلسه)؛ 3: معرفی سایت‌های مجلات و منابع علمی (1 جلسه)؛ 4: روش‌شناسی پژوهش (1 جلسه).
فصل 7: تصحیح مقاله‌های کوتاه
در فرصت تعطیلی نیمۀ اول فروردین مقاله‌های کوتاه تصحیح می‌شود.
فصل 8: انتخاب موضوع مقالۀ کوتاه سوم و نگارش مقاله
طلاب پایۀ 1 و 2 برای سومین بار در هفتۀ سوم فروردین به انتخاب موضوع برای مقالۀ کوتاه می‌پردازند. در این زمان طلاب پایۀ 3 تا 6 شروع به نگارش مقاله می‌کنند. در این فصل نیز این بحث‌های نظری مطرح می‌شود: 1: تحلیل متن (1 جلسه)؛ 2: نقد متن (1 جلسه).
فصل 9: نگارش مقالۀ کوتاه دوم و تمدید نگارش مقاله متوسط و بلند
3 هفته یعنی از هفتۀ چهارم فروردین تا نیمۀ اردیبهشت طلاب پایۀ 1 و 2 به نگارش مقالۀ کوتاه می‌پردازد و طلاب پایۀ 3 تا 6 مقالات متوسط و بلند خود را تکمیل می‌کنند. در این زمان برخی مطالب به آموزش گذاشته می‌شود: ، فاخرنویسی (3 جلسه).
فصل 10: تصحیح مقالات کوتاه و ویرایش مقالات متوسط و بلند
2 هفته یعنی نیمۀ دوم اردیبهشت مقالات کوتاه تصحیح می‌شود و طلاب پایۀ 3 تا 6 به ویرایش مقالات خود می‌پردازند. در این فصل نیز این بحث مطرح می‌شود.
1: ویرایش تفصیلی (4 جلسه)
فصل 11: تصحیح مقالات متوسط و بلند
5 هفته از آخر اردیبهشت تا اول تیر مقالات متوسط و بلند تصحیح شده و مواردی که نمرۀ بالاتری دارند برای مجله و جشنواره تعیین می‌شوند.
فصل 12: معرفی مقالات برتر و برگزاری دورۀ اخلاق پژوهش
از هفتۀ دوم تیر تا هفتۀ چهارم مرداد به مدت 7 هفته دورۀ تابستانه مدرسه شروع می‌شود. در این 7 هفته اخلاق پژوهش (7 جلسه) اجرا خواهد شود. در انتهای دوره نیز در اختتامیۀ دوره از افراد برتر پژوهش مدرسه تقدیر خواهد شد.